WATU Acción Indígena tiene como uno de sus principales objetivos ser transparente en su gestión, por eso cada año se audita gracias al apoyo desinteresado de empresas de prestigio como Deloitte (2003 y 2004), Atenea Auditores (2005) y Horwath Auditores desde 2006.
Desde el año 2003 WATU Acción Indígena se somete al estudio de la Fundación Lealtad sobre la transparencia y las buenas prácticas en la gestión de las ONG´s, resultando como una de las organizaciones transparentes.
La Fundación Lealtad (ver) es una organización independiente cuya misión es fomentar la confianza de la sociedad en fundaciones y asociaciones que cumplan fines de acción social, cooperación al desarrollo o medio ambiente. Con ello se pretende lograr un incremento de donaciones y voluntariado de particulares y empresas.
